PLAIMMO : UNE PLATEFORME SPÉCIALISÉE EN CYTOMÉTRIE DE FLUX, À VOTRE ÉCOUTE !
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L’UMS IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique) compte à ce jour 10 plateformes dont PLAIMMO (PLAteforme d'IMmuno-MOnitorage) ! Son personnel est votre disposition, équipe académique comme industrielle, pour vous aider à la mise au point de techniques utilisables en cytométrie en flux. Démonstration via trois exemples choisis !
Quantifier les bactéries par cytométrie en flux ? Dans le contexte d’un projet collaboratif sur le rôle plus ou moins délétère du microbiote dans les pathologies hépato-gastrointestinale, un enseignant-chercheur de l’Université de Paris Sud (Vanessa Liévin-Le Moal, UMR-S 996) nous a sollicité pour mettre au point la quantification de bactéries par cytométrie en flux. Première difficulté : comme le marquage bactérien nécessite une étape de fixation et de perméabilisation, les méthodes habituelles utilisant l'iodure de propidium ne peuvent être utilisées ; PLAIMMO innove et développe à façon une nouvelle méthode utilisant des marqueurs de viabilité pouvant être fixés. Deuxième difficulté : les bactéries (cellules de petite taille) se différencient très mal du bruit de fond électronique généré lors du passage des événements sur le cytomètre ; PLAIMMO met à profit son expertise et développe une méthode donnant des résultats satisfaisants, et actuellement en cours de validation pour être combiner avec d’autres marquages (illustration ci-dessus). La suite ? utiliser ces technologies pour confirmer, sur bactéries vivantes, et selon les traitements effectués, le niveau d’expression d’une protéine d’intérêt identifiée dans l’effet protecteur du foie en présence d’alcool. A suivre donc !
Doser des cytokines et chimiokines dans des volumes faibles ? Dans le cadre d’un second projet, industriel cette fois, la plateforme a été sollicitée par un chercheur (Francine Joly, SEPHRA PHARMA) pour développer le dosage de cytokines et chimiokines sur un volume récolté très limitant (maximum 250 µL) de ses échantillons. Dans ces conditions, il était impossible de faire des ELISA et l’utilisation de la technique LUMINEX™ n'était pas compatible avec le budget du projet. PLAIMMO utilise son savoir-faire et propose au porteur la technique des Cytokines Beads Assay ! PLAIMMO l’accompagnera aussi dans la mise en place et réalisation du protocole. En savoir plus sur ces techniques ? (Lehmann et al, J. Vis. Exp. 2017).
Détecter des ARN par cytométrie de flux ? Plus récemment, la plateforme, fort de l’intérêt des techniques développées par INVITROGEN sur la détection des ARN par cytométrie en flux (PrimeFlow), a mis en place une stratégie d'étude et de validation en interne de ces techniques en commençant par des tests avec des gènes de ménage. Cela nous a permis de repérer les étapes problématiques et surtout de conseiller au mieux les utilisateurs de PLAIMMO désirant utiliser cette technique. Le principe du PrimeFlow est l’hybridation spécifique sur l’ARN d’intérêt d‘une paire d’oligonucléotides adjacente. Sur cette paire se fixe ensuite une molécule de pré amplification permettant la fixation de molécules d’amplification et ensuite de sondes marquées par fluorescence. Un des points les plus cruciaux est la température de fixation de ces sondes !
La plateforme de cytométrie en flux (PLAIMMO) de l'Unité Mixte de Service – Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique (UMS-IPSIT) située sur le site de Clamart offre régulièrement ses services aux équipes de recherche académiques du territoire Paris-Saclay ainsi qu'aux industriels. Le personnel de la plateforme est à votre disposition pour vous aider à pour la réalisation de projets de recherche fondamentale, préclinique sur des modèles expérimentaux ainsi que pour des protocoles de recherche clinique. Son personnel est aussi à votre service pour la mise au point de nouvelles techniques utilisant la cytométrie en flux. Les équipements de cytométrie en flux de la plateforme permettent le phénotypage des cellules par la détection de molécules membranaires et intracellulaires (biomarqueurs) mais aussi des études fonctionnelles telles que la détection de phosphorylation des protéines, la prolifération cellulaire, la quantification de cytokines ou chimiokines excrétées ou la détection d'ARN. Enfin, des tris cellulaires à haut débit sont aussi proposés par la plateforme. La plateforme est également équipée pour mesurer l'expression de gènes grâce à la PCR quantitative en temps réel. Nos activités qui peuvent être en relation avec celles d'autres plateformes, permettent l'identification de nouveaux biomarqueurs qui peuvent être des cibles thérapeutiques.
Contact : Marie-Laure AKNIN - marie-laure.aknin@universite-paris-saclay.fr
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