[{"command":"insert","method":null,"selector":".course-modal-ajax-placeholder-966798","data":"\u003Cdiv class=\u0022container content-rte\u0022\u003E\n  \u003Cdiv class=\u0022row\u0022\u003E\n    \u003Cdiv class=\u0022box col-md-6 bg-primary text-white\u0022\u003E\n      \u003Ch2 class=\u0022h1 text-left\u0022\u003E  Phage DNA explorer\n\u003C\/h2\u003E\n                  \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EECTS :\n          4\n        \u003C\/div\u003E\n      \u003C\/div\u003E\n                  \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ESemester:\n          Semestre 2\n        \u003C\/div\u003E\n      \u003C\/div\u003E\n            \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ED\u00e9tail du volume horaire\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                          \u003Cspan class=\u0022field__label h4 mt-5 \u0022\u003ELecture:\u003C\/span\u003E\n                                      \u003Cspan\u003E7\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                                              \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                          \u003Cspan class=\u0022field__label h4 mt-5 \u0022\u003EDirected study:\u003C\/span\u003E\n                                      \u003Cspan\u003E18\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                                              \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                          \u003Cspan class=\u0022field__label h4 mt-5 \u0022\u003EProject :\u003C\/span\u003E\n                                      \u003Cspan\u003E15\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                                \u003C\/div\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ELangue d\u0026#039;enseignement\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003EFran\u00e7ais\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EEnseignement \u00e0 distance\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003Enon\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n      \u003C\/div\u003E\n    \u003Cdiv class=\u0022box col-md-6\u0022\u003E\n                    \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EProgramme \/ plan \/ contenus\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003EObjectifs : Cette option est la suite logique de l\u2019UE optionnelle du L2S4 \u00ab Phage Discovery \u00bb.\u003Cbr\u003E\nSon but sera de r\u00e9aliser une annotation pr\u00e9cise et document\u00e9e des g\u00e9nomes phagiques qui auront \u00e9t\u00e9 choisis et s\u00e9quenc\u00e9s gr\u00e2ce \u00e0 \u00ab Phage Discovery \u00bb (taille moyenne des g\u00e9nomes de phages autour de 50kb). Ce travail d\u2019analyse de g\u00e9nome s\u2019int\u00e8grera dans un cours qui permettra de d\u00e9couvrir la biologie des phages et leurs applications potentielles. L\u2019annotation devra \u00eatre valid\u00e9e afin d\u2019\u00eatre publi\u00e9e et les \u00e9tudiants pourront nominativement (sous le contr\u00f4le de leurs encadrants) d\u00e9poser les s\u00e9quences dans les banques de donn\u00e9es.\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EProgramme :\u003Cbr\u003E\nCM (7h) : Connaissance g\u00e9n\u00e9rale de la biologie des phages et de leur \u00e9volution.\u003Cbr\u003E\nTD (8h) : Application des m\u00e9thodes permettant l\u2019\u00e9tude des bact\u00e9riophages. Pour illustrer les \u00e9l\u00e9ments structuraux et fonctionnels des phages (d\u00e9couverts au fur et \u00e0 mesure de l\u2019annotation), les \u00e9tudiants seront guid\u00e9s dans la recherche bibliographique et dans l\u2019analyse des articles n\u00e9cessaires.\u003Cbr\u003E\nAnalyse Bioinformatique : 25h (10h de TD). Utilisation des outils bioinformatiques disponibles dans le guide d\u00e9velopp\u00e9 par le consortium universitaire am\u00e9ricain SEA-PHAGE (Science Education Alliance- Phage Hunters Advancing Genomics and Evolutionary Science). \u00c0 l\u2019issue de cette analyse, les \u00e9tudiants r\u00e9digeront une note de synth\u00e8se de leur annotation.\u003Cbr\u003E\nMini-Symposium (5h) : Chaque \u00e9tudiant pr\u00e9sentera la fonction potentielle d\u2019un des g\u00e8nes annot\u00e9s et proposera une approche exp\u00e9rimentale permettant de valider cette pr\u00e9diction. Pour cela ils devront s\u2019appuyer sur l\u2019analyse d\u2019un article soigneusement choisi (avec l\u2019aide d\u2019un encadrant).\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EObjectifs d\u0026#039;apprentissage\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003EOAV1. Identifier les \u00e9l\u00e9ments structuraux d\u2019un article et lire un article simple (en anglais).\u003Cbr\u003E\nComp\u00e9tences d\u2019analyses bibliographiques :\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003ERechercher et s\u00e9lectionner des articles scientifiques en lien avec le projet. Extraire et utiliser les informations pertinentes. R\u00e9diger une note de synth\u00e8se adoptant le formalisme scientifique des journaux Phage ou Archives in virology.\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EOAV2. Traiter des r\u00e9sultats exp\u00e9rimentaux en utilisant des outils informatiques.\u003Cbr\u003E\nComp\u00e9tences d\u2019analyses bioinformatiques :\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EIdentifier un g\u00e8ne. Distinguer les s\u00e9quences codantes des s\u00e9quences non codantes. Utiliser des proc\u00e9dures automatis\u00e9es d\u2019annotation. Affiner et valider les r\u00e9sultats en fonction de crit\u00e8res d\u00e9termin\u00e9s. R\u00e9aliser des comparaisons de g\u00e9nomes. Construire des arbres phylog\u00e9n\u00e9tiques.\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EOAV3. Travailler de fa\u00e7on autonome et en \u00e9quipe de fa\u00e7on responsable.\u003Cbr\u003E\nComp\u00e9tences en communication :\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003EAnalyser, hi\u00e9rarchiser, organiser et synth\u00e9tiser des informations\/donn\u00e9es en vue de leur pr\u00e9sentation. Pr\u00e9senter oralement les r\u00e9sultats d\u2019une mani\u00e8re captivante.\u003C\/p\u003E\n\u003Cp\u003ELes deux \u00e9tudiants les plus convaincants seront choisis (apr\u00e8s un vote coll\u00e9gial) et auront l\u2019opportunit\u00e9 de pr\u00e9senter les r\u00e9sultats lors des s\u00e9minaires du Club Phages de l\u2019I2BC ou d\u2019un colloque du r\u00e9seau Phage-France.\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n        \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003EOrganisation g\u00e9n\u00e9rale et modalit\u00e9s p\u00e9dagogiques\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003E\u003Cp\u003ELes premi\u00e8res s\u00e9ances de bioinformatique pour l\u0027analyse du g\u00e9nome (ou fragment de g\u00e9nome) phagique choisi seront encadr\u00e9s et permettront aux \u00e9tudiants de devenir progressivement autonome pour leur projet d\u0027annotation.\u003Cbr\u003E\nLes \u00e9tudiants s\u0027appuieront \u00e9galement sur l\u0027utilisation des outils bioinformatiques disponibles dans le guide d\u00e9velopp\u00e9 par le consortium universitaire am\u00e9ricain SEA-PHAGE (Science Education Alliance- Phage Hunters Advancing Genomics and Evolutionary Science). \u00c0 l\u2019issue de cette analyse, les \u00e9tudiants r\u00e9digeront une note de synth\u00e8se de leur annotation.\u003C\/p\u003E\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n                                \u003Cdiv class=\u0022field-spacing\u0022\u003E\n      \u003Cdiv class=\u0022field__label h3 dash\u0022\u003ENature de l\u0026#039;\u00e9valuation\u003C\/div\u003E\n                        \u003Cdiv class=\u0022mt-5 text-justify\u0022\u003E\n                                      \u003Cspan\u003EEvaluation Continue Int\u00e9grale\u003C\/span\u003E\n                      \u003C\/div\u003E\n                  \u003C\/div\u003E\n      \u003C\/div\u003E\n  \u003C\/div\u003E\n\u003C\/div\u003E\n","settings":null}]